Durante la II guerra mundial después del 7 de diciembre de 1941 el peligro real para el Canal de Panamá provenía del lado del Pacífico, por lo cual a finales de año se formularon planes para un defensa adecuada por parte de los Estados Unidos de América, la que requería la detección anticipada y la destrucción de portaaviones enemigos a distancia de 500 a 1.000 millas.

En este plan las Islas Galápagos, bajo soberanía ecuatoriana, tenían una ubicación estratégica apta para un amplio radio de patrullaje. La Marina de Guerra de los EEUU se trasladó a la isla de Baltra en enero de 1942 y el Ejército comenzó sus trabajos de construcción en febrero. Entre otras unidades asignadas estaba un escuadrón de bombarderos pesados, consecuentemente se preveía una pista para el uso temporal de los bombarderos pesados de 150 x 5000 pies, ampliable a 300 x 8000 pies. Existieron grandes dificultades en la construcción de la pista , el primer vuelo se efectuó el sábado 09 de mayo de 1942, y el último vuelo el de una aeronave de la USAAF en Baltra el 25 de septiembre de 1945, para el 15 de abril de 1946 las instalaciones incluida las dos pistas de aterrizaje donde en una de ellas hoy se levanta el aeropuerto SEYMOUR de Baltra pasaron a propiedad del gobierno de Ecuador. Posteriormente en 1956 el Ministerio de Obras Públicas del Ecuador inició las readecuaciones de una de las dos pistas de aterrizaje calificada como “emergente”. La pista principal no fue habilitada pues se había propagado el rumor. Infundado y nunca comprobado, que un gran número de minas y explosivos activados estaban enterrados y dispersos por toda el área. Terminados los trabajos del nuevo aeropuerto, el 16 de julio de 1957 una aeronave CATALINA de la FAE despachó el primer correo aéreo desde Galápagos hacia el Continente. Despegó de Baltra a las 08H00 de la mañana con 223 piezas postales. Baltra recibió el primer avión de la FAE destinado a mantener apoyo logístico regular para los colonos. La aerolínea TAME, inauguró sus itinerarios al aeropuerto de Baltra en abril de 1967, lo que contribuyó a que la Isla santa Cruz iniciará su desarrollo económico y social hasta convertirse en el centro turístico y económico de Galápagos. En el año 1983 se realiza la construcción de un nuevo y más amplio terminal aéreo en el aeropuerto de Baltra con el fin de satisfacer el incremento de los usuarios y la capacidad de las nuevas aeronaves incorporadas a la compañía TAME ( BOEING -727-100/200) para aquella fecha únicamente operaba una frecuencia diaria, mencionada construcción del edificio terminal estuvo a cargo del Instituto nacional Galápagos INGALA, Institución Pública que entregó en donación el edificio a la Dirección de Aviación Civil para su Administración En 1990 la aerolínea EMETEBE inicia sus operaciones aéreas interislas utilizando el aeropuerto de Baltra como el centro de las operaciones hacia San Cristóbal e Isabela Hasta el año 2003 la FAE administraba el Aeropuerto , el 15 de septiembre del 2003 la Dirección General de Aviación Civil nombra un Jefe de Aeropuerto civil recayendo tal responsabilidad en un joven Galapagueño el Economista Edgar Navas Manjarres Técnico de Operaciones de Vuelo y especialista de la Junta Investigadora de Accidentes de la SUBDAC, quien hasta le fecha se ha desempeñado en el cargo con la colaboración incondicional, eficiente y proactiva de todos los empleados que laboran en el aeropuerto SEYMOUR de Baltra En el año 2003 la aerolínea Aerogal inicia sus operaciones aéreas con una aeronave BOEING-727 con 4 frecuencias semanales actualmente cuenta con 13 frecuencias semanales y aeronaves tipo AIRBUS A-320 En el año 2010 AEROLANE inicio sus operaciones aéreas en Baltra con 7 frecuencias semanales con aeronaves A-320.

El 15 de Abril del 2011 el Sistema Aeroportuario del aeropuerto de Baltra ha sido concesionado por 15 años a la Corporación América, empresa que se encargará de Construir y Administrar el primer AEROPUERTO ECOLOGICO del mundo, las obras a ejecutarse incluye: Construcción de la Pista de aterrizaje de hormigón , Plataforma, edificio terminal, torre de control y hangar de Servicio Contra Incendios, hasta le fecha de la entrega del Aeropuerto no se han registrado accidentes en la actividad de las operaciones aéreas, lo cual demuestra el alto conocimiento y responsabilidad de los empleados de la DGAC en Baltra.