El Aeropuerto General Villamil, fue construido por el Cuerpo de Ingenieros del Ejército, en el período presidencial del Arq. Sixto Durán Ballén, desde ahí se ha mantenido como pista no controlada hasta cuando la compañía EMETEBE empezó a volar con más frecuencia a esta isla. En sus inicios, el personal no contaba con ninguna infraestructura, únicamente se disponía de una autobomba Internacional, luego a fines de los años 90, se empezó la construcción de un Hangar para el Servicio Contra Incendios, en donde se lo ha usado para adecuar la oficina de la Jefatura, bodegas y dormitorios del personal, e incluso funcionaba como terminal aérea, porque desde ahí se vendía los pasajes y despachaba la carga del vuelo logístico de la FAE.

En el año 2006, el Alcalde Pablo Gordillo, construyó el Terminal Aéreo, con expectativas de lograr que entre un vuelo comercial directo del territorio continental, pero, las características de la pista, falta de Torre de Control y vehículo Contra Incendios, no le permitieron cumplir con su objetivo, es así, que para devengar la inversión empezaron cobrando su Tasa de Uso Terminal, una de las más caras del país. Las primeras aeronaves que operaron en este Aeropuerto han sido un AZTECA de la compañía EMETEBE y el HERCULES de la FAE, posteriormente por el año 1996 la compañía EMETEBE continuó operando con mayor frecuencia, e incluso el vuelo de la FAE realizaba un vuelo semanal del continente con aterrizajes en las tres islas. A partir de la erupción del volcán Sierra Negra, en octubre del 2005, se ha incrementado el flujo del turismo a esta isla, es desde entonces los vuelos de la compañía EMETEBE siguieron creciendo, incluso aparecieron los vuelos privados que llegaban desde los aeropuertos de Guayaquil, Manta o Quito. Es así, que a pesar de la crisis mundial, no ha decaído el turismo a esta isla. En el año 2010 se contabiliza un promedio de ocho operaciones diarias, con alto número de vuelos en los días festivos y feriados.

A fines del año 2010, mermaron la visita de los vuelos privados de las aeronaves con matricula americana de dueños nacionales, pero sin embargo, se ha tenido vuelos ocasionales de la compañía SAEREO. Entre las aeronaves que frecuentan ocasionalmente están la del Parque Nacional Galápagos, Aviación Naval y el vuelo de la FAE que últimamente ha vuelto a retomar la llegada con vuelos quincenales.